旧海軍司令部壕は1944年に日本兵3000人によって掘られた旧海軍の司令基地で、75年前の痕跡が当時のまま残る地下秘密基地です。鍬やツルハシなどを使い手作業にて5か月間で掘った地下壕が当時のまま残されており、地下20メートルまで下りたその先には、司令官室、幕僚室など300mに渡り歩いて見ることができます。また資料館では壕内で発掘された遺品や兵士が家族に宛てた手紙が閲覧できるほか、年表や写真で沖縄戦について学ぶことができます。